Матрона Дмитриевна Никонова родилась в 1881 году в деревне Себино Епифанского уезда (ныне Кимовского района) Тульской губернии. В семье Матрона была четвёртым ребёнком: у неё имелись два старших брата — Иван и Михаил — и сестра Мария. Согласно житию святой, когда родилась младшая дочь Матрона, немолодые к тому времени родители, Наталья и Дмитрий Никоновы, сначала хотели оставить слепую дочь в приюте. Но её матери приснился необыкновенный сон: белая птица необычайной красоты, но слепая, села ей на её грудь. Наталья Никонова решила, что сон был вещий. Житие сообщает, что уже с 8 лет Матрона имела крепкую веру и обладала способностью исцелять больных и предсказывать будущее. В 18 лет у неё отнялись ноги.
В молодости Матрона с дочерью местного помещика Лидией Яньковой совершила несколько паломнических поездок. Они побывали в Киево-Печерской Лавре, Троице-Сергиевой Лавре, в Санкт-Петербурге, других городах и святых местах России. В 1899 году в Кронштадтском соборе Матрона встретила Святого праведного Иоанна Кронштадского. По преданию, праведник по окончании службы попросил прихожан расступиться перед подходящей к солее Матроной и громко сказал: «Матронушка, иди-иди ко мне. Вот идёт моя смена — восьмой столп России». Примерно в 1925 году Матрона перебралась в Москву. Жила она, где придётся — у друзей и знакомых, но не у своих братьев — Михаила и Ивана, которые стали коммунистами. Существует легенда, что, когда появилась угроза взятия немцами Москвы, к Матроне приезжал Сталин, и она сказала ему: «Русский народ победит, победа будет за тобой. Из начальства один ты не выедешь из Москвы». Эта встреча изображена на так называемой иконе «Матрона и Сталин». Но других доказательств этого события не существует.
О чудесах, творимых благочестивой св. Матроной, подробно описано в Житии блаженной старицы Матроны, опубликованном на официальном сайте Покровского ставропигиального женского монастыря.
В 1942–1949 гг. Матрона жила в Москве, в старинном деревянном особняке на Арбате, где занимала угол в 48-метровой комнате односельчанки Е. М. Ждановой и её дочери Зинаиды. В 1950–1952 годах она жила под Москвой, в Сходне, у дальних родственников в семье Курочкиных. Согласно житию, Матрона предсказала свою смерть за три дня, продолжая принимать людей и в свои последние дни. Скончалась святая в Сходне 2 мая1952 года.
О факте блаженной кончины св. Матроны в Сходне рассказывают также сохранившиеся фотографии святой на смертном одре в общедоступной экспозиции Покровского женского монастыря в Москве, где почивают мощи старицы. Ныне во дворе Троицкой церкви, в 150 м от станции Сходня, находится часовня, освящённая в память св. Матроны Московской. Отпевание Матроны Московской прошло в храме Ризоположения на Донской улице. Его совершил хорошо знакомый Матроне и почитавший её протоиерей Николай Голубцов.
Погребение блаженной Матроны состоялось 4 мая, в Неделю святых Жён-мироносиц, при большом стечении верующих. Даниловское кладбище было выбрано самой Матроной, чтобы «слышать службу»: в те годы одной из немногих действующих церквей в Москве. По воспоминаниям, «отпевание и погребение блаженной Матроны были началом её прославления в народе как угодницы Божией»; могила на многие годы стала местом паломничества.
Часовня над бывшей могилой Матроны на Даниловском кладбище в Москве.
В ночь на 8 марта 1998 года по благословению Патриарха Алексия II в присутствии митрополита Арсения, викария Московской епархии, с братией захоронение было вскрыто и мощи св. Матроны обретены. Первоначально они были доставлены в московский Данилов монастырь, затем перенесены в Покровский храм на территории Покровского монастыря и помещены в серебряную раку, ежедневный доступ паломников к которой открыт с 6 до 20 часов. 2 мая 1999 года Матрона канонизирована как местночтимая московская святая. 17 августа 2004 года Архиерейский Собор принял решение об общецерковном прославлении этой святой. В октябре того же года состоялась общецерковная канонизация святой блаженной Матроны Московской. День 8 марта как день обретения мощей Матроны стал одним из православных праздников — дополнительным днём празднования в честь святой блаженной Матроны Московской.
Мощи святой Матроны доставляются для поклонения в разные города России.