Интронизация митрополита Кирилла состоялась 1 февраля 2009 года во время литургии в Храме Христа Спасителя, в совершении которой участвовал Патриарх Александрийский Феодор II, обратившийся к Кириллу с приветственным словом на русском языке, а также предстоятели некоторых иных автокефальных церквей: архиепископ Албанский Анастасий, митрополит Польши Савва и митрополит всея Чешских земель и Словакии Христофор.
На богослужении присутствовали Президент России Дмитрий Медведев с супругой, Председатель Правительства Владимир Путин, Президент Молдавии Владимир Воронин, а также Наина Ельцина.
До патриаршей интронизации - митрополит Смоленский и Калининградский (на Смоленской кафедре с 26 декабря 1984 года. С 14 ноября 1989 года по 1 февраля 2009 года - председатель синодального Отдела внешних церковных связей (ОВЦС) и постоянный член Священного Синода).
Президент России Дмитрий Медведев поздравил митрополита Кирилла с избранием, выразив надежду, в частности, на дальнейшее развитие диалога между РПЦ и государством. Председатель Правительства России Владимир Путин также поздравил митрополита Кирилла с избранием его Патриархом Московским и всея Руси.
28 января свои поздравления телеграммой направил избранному Патриарху Папа Бенедикт XVI. Поздравления и благопожелания новому предстоятелю РПЦ направили и многие другие религиозные и политические лидеры мира.
Избрание на Патриарший престол
25 января 2009 года Архиерейским Собором РПЦ в Москве, прошедшим под его председательством, митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл был избран одним из трёх кандидатов на Московский патриарший престол, получив 97 голосов из 197 действительных бюллетеней для голосования (32 участника Собора проголосовали за митрополита Калужского и Боровского Климента, 16 — за митрополита Минского и Слуцкого Филарета (Вахромеева).
27 января 2009 года Поместным Собором РПЦ 508 голосами из 677, то есть 75 % был избран 16-м Патриархом Московским и всея Руси.
Патриарх Кирилл — первый в истории Патриарх Московский и всея Руси, родившийся в СССР.